Son 24 los equipos clasificados a Segunda Fase de la Copa Simón Bolívar, los dos primeros de los 9 grupos y los mejores 6 terceros. En esta siguiente etapa se conformaron 8 grupos de 3 clubes por sorteo, que se llevó a cabo el lunes 22 de agosto en la ciudad de Cochabamba. Los dos primeros de cada grupo clasificaran a Octavos de Final. En la continuidad de la competencia son tres los entrenadores argentinos que siguen en la Copa Simón Bolívar; Ezequiel Rodríguez en Stormer’s Sporting Club de Sucre, Domingo Sánchez en CDT Real Oruro de Oruro y Daniel Gómez en Club Deportivo Shalon de Oruro. Daniel Ayala quedó fuera de competencia por la eliminación de su equipo; Real Candúa de Monteagudo. Real Candúa fue uno de los equipos más débiles de la Primera Fase del certamen nacional boliviano; perdió por 13 a 1 con Stomer’s.
En el Grupo A están García Agreda de Tarija, Deportivo Cervecería de Potosí y Alianza Beni F. C. de Beni. En el Grupo B quedaron CDT Real Oruro (ex Club Deportivo Totora), Mojocoya F. C. de Sucre y Destroyer’s de Santa Cruz de la Sierra. El Grupo C quedó conformado por Wilstermann Cooperativas de Potosí, 24 de Septiembre de Santa Cruz de la Sierra y Mariscal Sucre de Cobija. En tanto en el Grupo D participaran Libertad Gran Mamoré de Trinidad, A. B. B. (Academia del Balompié Boliviano) de La ciudad de La Paz y Atlético Warnes de Warnes. Mientras el Grupo E tendrá a Deportivo Shalon de Oruro, Atlético Bermejo de Bermejo y Deportivo FATIC de la ciudad El Alto. El Grupo F está integrado por Vaca Díez de Cobija, Universitario del Beni y Nueva Cliza de Cochabamba. En el Grupo G competirán Morro Municipal de Sucre, Enrique Happ de Cochabamba y Stormers de Sucre. Y el Grupo H tiene a Cochabamba F. C., SUR-CAR de Oruro y Deportivo JUVA de Potosí.