El Nacional atraviesa uno de los momentos más delicados de su historia. En diciembre de 2025 perdió la categoría de la serie A por la vía administrativa y pasó a disputar la serie B en 2026. En menos de un año, el club volvió a descender, esta vez a la segunda categoría, tras perder ante Cumbayá en el hexagonal de permanencia.
El doble descenso se produjo en medio de una crisis económica e institucional que arrastra deudas estimadas en alrededor de $ 12 millones, además de procesos judiciales y problemas dirigenciales que han afectado directamente al rendimiento deportivo.
Juan Carlos Burbano, histórico volante y capitán de El Nacional, fue parte del plantel que consiguió en 1996 el último título nacional. El exfutbolista, que además disputó con Ecuador el Mundial de 2002, considera 
que el primer paso debe ser ordenar las finanzas y conseguir liquidez para afrontar las obligaciones inmediatas.
Fabián el Flaco Paz y Miño, máximo goleador histórico de El Nacional con 155 tantos, ganador de ocho títulos nacionales y parte del equipo que conquistó los dos tricampeonatos del club, identifica que el cambio del modelo de administración y el
retiro del aporte económico de las Fuerzas Armadas fueron algunos de los puntos de quiebre de la institución.
Óscar Perdomo, histórico defensa que jugó durante doce años y conquistó cuatro títulos nacionales, cree que la solución debe comenzar con una buena administración y con el saneamiento de las obligaciones económicas. También considera indispensable conocer el monto real de las deudas y negociar con los acreedores. Fuente: eluniverso.com